Gamboa begon als jeugdspeler bij Rio Ave FC, maar kwam in de jeugdreeksen ook uit voor Varzim SC, SL Benfica en Braga. Het is bij Braga dat Gamboa in 2015 doorbrak als professionele speler, eerst bij Braga B dat in de Portugese tweede klasse uitkomt en later ook bij het eerste elftal van Braga. Van Braga ging het in 2017 naar CS Maritimo, dat hem in 2019 een seizoen uitleende aan CD Chaves.

In 2020 stapte hij over naar GD Estoril Praia. In het seizoen 2020-2021 won Gamboa met Estoril de titel in de Portugese tweede klasse. Afgelopen seizoen haalden ze een knappe 9^e plaats in de Portugese hoogste klasse en was Gamboa onbetwist titularis. Hij speelde in totaal 82 wedstrijden in de Portugese eerste klasse. Gamboa speelde voor alle Portugese nationale jeugdploegen en speelde 1 wedstrijd voor de Portugese U21.

Gamboa wordt zo de allereerste Portugese speler ooit voor OH Leuven. Coach Marc Brys is blij met de komst van de middenvelder. “Joao Gamboa brengt ons de nodige ervaring bij centraal op het middenveld. Hij combineert gestalte, werkkracht en technisch vermogen.”